CV-sida

Erik Bongcam Rudloff

Erik Bongcam Rudloff
Professor i Bioinformatik

Presentation

Mitt främsta intresse är att lösa Livsvetenskapliga problem med hjälp av bioinformatiska metoder. Koordinerar flera multidisciplinära projekt som involverar forskargrupper från olika delar av världen.

Erik Bongcam-Rudloffs arbete handlar om analys av mycket stora mängder biologiska och genetiska data. Hans forskning handlar huvudsakligen om utvecklingen av bioinformatiklösningar för livsvetenskaperna. Tillämpningar finns inom forskningsområden som husdjursavel, datavetenskap, matematik, naturvetenskap, teknik och medicin. Erik Bongcam-Rudloff utvecklar och driver också komplexa tvärvetenskapliga nätverksprojekt både i och utanför Europa.
Länk till min Installationsföreläsning: https://www.youtube.com/watch?v=AGYuR-ORP3Y&feature=youtu.be

Undervisning

Vår grupp ansvarar för flera av SLUs kurser i Bioinformatik, sök här:
Bioinformatik 15P Doktorand och Masters nivå

Nästa 15 HEC kurs med start November 2024: Bioinformatik BK0001

Vi har också delatagit och ansvarat i organisationen av bioinformatikkurser i Afrika, Asien, Nord och Sydamerika och i Europa.

Årlig två veckors avancerad kurs i Bioinformatik, BECA/ILRI, Nairobi, Kenya

Bioinformatikkurs i Punta Arenas, Chile

Forskning

Vår grupp jobbar med en holistisk syn på biologiska frågor, vi jobbar därför med arvsmassan från de minsta virus, bakterier, maskar upp till store genom, från växter, husdjur och människor. Vi bygger biologiska databaser för att organisera insamling av biologiska prover och utvecklar bioinformatiska vertyg för att göra analyser av de biologiska frågor som vi och andra är intresserade av.

B3Africa: The European-African Biobanks initiative

DEANN: EU-American continent NGS project

H3AfricaBionet: The Pan African Bioinformatics Network

Setaria Digitata sekvenering och annotering. I samarbete med Colombo University, SriLanka.

Korallrevmetagenomik, i samarbete med Pwani University och KEMRI i Kenya samt Mauritius University, Mauritius.

Samverkan

Bakgrund

Utbildning och examina

  • Docentexamen SLU, 2004
  • Dr. Medical Sciences, Uppsala universitet, 1995

  • Tjänster

    • Professor 2017-
    • Forskningsassistent Linnaeus Centre for Bioinformatics 2000-2001
    • Forskarassistent Linnaeus Centre for Bioinformatics 2000-2004
    • Forskare Linnaeus Centre for Bioinformatics 2004-2008
    • Forskare Husdjursgenetik 2008-2016

Handledning

Huvud och biträdande handledare för 20 PhD avhandlingar.

För närvarande huvud och biträdande handledare för 7 PhD students.

Publikationer i urval

Senaste publikationer:

1: Corduneanu A, Mihalca AD, Sándor AD, Hornok S, Malmberg M, Viso NP, Bongcam-Rudloff E. The heart microbiome of insectivorous bats from Central and SouthEastern Europe. Comp Immunol Microbiol Infect Dis. 2021 Jan 7;75:101605. doi:
10.1016/j.cimid.2020.101605. Epub ahead of print. PMID: 33421678.

2: Rugumisa BT, Bongcam-Rudloff E, Lukumay MS, Lyantagaye SL. Factors associated with risk of preterm delivery in Tanzania: A case-control study at Muhimbili National Hospital. Int J Gynaecol Obstet. 2020 Dec 5. doi: 10.1002/ijgo.13520. Epub ahead of print. PMID: 33277704.

3: Singh A, Nylander JAA, Schnürer A, Bongcam-Rudloff E, Müller B. High-
Throughput Sequencing and Unsupervised Analysis of Formyltetrahydrofolate
Synthetase (FTHFS) Gene Amplicons to Estimate Acetogenic Community Structure.
Front Microbiol. 2020 Aug 27;11:2066. doi: 10.3389/fmicb.2020.02066. PMID:
32983047; PMCID: PMC7481360.

4: Jhamat N, Niazi A, Guo Y, Chanrot M, Ivanova E, Kelsey G, Bongcam-Rudloff E,
Andersson G, Humblot P. LPS-treatment of bovine endometrial epithelial cells
causes differential DNA methylation of genes associated with inflammation and
endometrial function. BMC Genomics. 2020 Jun 3;21(1):385. doi:
10.1186/s12864-020-06777-7. PMID: 32493210; PMCID: PMC7268755.

5: Solé M, Lindgren G, Bongcam-Rudloff E, Jansson A. Benefits and risks of
barefoot harness racing in Standardbred trotters. Anim Sci J. 2020 Jan-
Dec;91(1):e13380. doi: 10.1111/asj.13380. PMID: 32363779.

6: Senanayake KS, Söderberg J, Põlajev A, Malmberg M, Karunanayake EH, Tennekoon KH, Samarakoon SR, Bongcam-Rudloff E, Niazi A. The Genome of Setaria digitata: A Cattle Nematode Closely Related to Human Filarial Parasites. Genome Biol Evol. 2020 Feb 1;12(2):3971-3976. doi: 10.1093/gbe/evaa017. PMID: 32022853; PMCID: PMC7061230.

7- Susanne Hollmann, Andreas Kremer, Špela Baebler, Christophe Trefois, Kristina Gruden, Witold R Rudnicki, Weida Tong, Aleksandra Gruca, Erik Bongcam-Rudloff, Chris T Evelo, Alina Nechyporenko, Marcus Frohme, David Šafránek, Babette Regierer, Domenica D'Elia.The need for standardisation in life science research-an approach to excellence and trust. F1000Research. December, 2020

8-Brandt, C.; Bongcam-Rudloff, E.; Müller, B. Abundance Tracking by Long-Read Nanopore Sequencing of Complex Microbial Communities in Samples from 20 Different Biogas/Wastewater Plants. Appl. Sci. 2020, 10, 7518. https://doi.org/10.3390/app10217518

9-Renaud Van Damme, Martin Hölzer, Adrian Viehweger, Bettina Müller, Erik Bongcam-Rudloff, Christian Brandt.Metagenomics workflow for hybrid assembly, differential coverage binning, transcriptomics and pathway analysis (MUFFIN). PLOS Comp. Biol. January 2021.

10-Sammy Wambua, Hadrien Gourlé, Etienne De Villiers, Oskar E Karlsson, Nina Wambiji, Angus Macdonald, Erik Bongcam-Rudloff, Santie De Villiers.Molecular Ecology of Coral Reef Microorganisms in the Western Indian Ocean coast of Kenya. BioRxiv, 2020

 

Länk till mina publikationer, Google Scholar

Länkar

Relaterade sidor:

Publikationslista: