SLU-nyhet

Hur kan du använda Ekologicentrums upprustade molekylärlab?

Publicerad: 26 februari 2018
Hand med blå handske håller provrör med insekter.

Med molekylära metoder kan man upptäcka ekologiska samband som man inte tidigare har kunnat studera. Det kan handla om vilka arter som står på menyn hos rovinsekter eller vilka blommor pollinerare har besökt. På Ekologicentrum finns nu utrustning för att kunna analysera DNA i betydligt större skala än tidigare. Det möjliggör nya spännande projekt. Och alla forskare på SLU är välkomna att höra av sig om de vill använda DNA-labbet.

I en frys på Ekologicentrum väntar 10 000 insekter och spindlar på analys. DNA från bytena i deras magar ska avslöja deras meny. Insekterna kommer från fällor i rapsfält och vallodlingar på 24 platser i Skåne. Detta stora projekt hade varit omöjligt att genomföra i Ekologicentrums DNA-lab tidigare. Det gick helt enkelt inte att analysera tillräckligt många prover per dag. Men tack vare den nya utrustningen kan 400 prover hanteras dagligen (titta i faktarutan om du är nyfiken på de nya apparaterna).

Undvika kontaminering

Egentligen är det inte riktigt sant att det är 10 000 prover i frysen för labbassistenten Tytti Vanhala har redan hämtad provrör där många gånger. Nu sitter hon i labbet och förbereder ett nytt gäng insekter för analys.

Mellan varje prov rengör hon pincetten genom att doppa den i etanol och sedan sticka den i en brännare. Det gäller att se till att inte fel DNA hamnar i fel provrör.

- Kontaminering är min största fasa. Det skulle förstöra hela försöket, säger Kirsten Miller, postdoktor och ansvarig för projektet som går ut på att kartlägga det ekologiska samspelet mellan rovdjur och byten i odlingslandskapet.

Projektet ska också undersöka till exempel hur insekterna rör sig mellan rapsfält och vallodlingar som ligger bredvid varandra. Och därmed ge ny kunskap om hur diversitet i landskapet påverkar den biologiska kontrollen, det vill säga naturliga fiender till skadeinsekter.

Jämförs med databas

När Tytti har förberett proverna ska Kirsten köra dem i PCR-maskinen för att öka mängden DNA från bytena. De kan sedan artbestämmas med hjälp av DNA i en databas,

- Många av arterna i norra Europa är med i databasen, mycket tack vare finnarna faktiskt. I tropikerna där jag också har jobbat är det en annan sak. Där får man ofta nöja sig med en högre taxonomisk nivå och får ange skalbagge art 1, skalbagge art 2 och så vidare, säger Kirsten Miller

Alternativet till DNA-analys är att studera insekterna och se vad de fångar. Tänk dig en studie där SLU skickar ut folk för att iaktta 10 000 insekter och spindlar i fält! Det skulle ta enormt mycket tid. Om man istället tänker sig ett kontrollerat experiment är valet av byten alltid begränsat redan från början. Tack vare molekylära metoder kan organismerna överraska ekologerna. Flera nya upptäckter har gjorts de senaste åren.

Nya upptäckter

En studie visade till exempel att pollinatörer hade besökt mer än dubbelt så många växtarter än vad som tidigare visats (André Pornon, Scientific reports). En annan studie, från bland annat Tomas Roslin, professor på ekologiinstitutionen, avslöjade att trollsländor hade tiotals olika insektsgrupper på menyn. Det är helt ny kunskap eftersom det är väldigt svårt att se när en trollslända fångar ett byte.

Tomas Roslin och Kirsten Miller arbetar för att fler ekologer ska få upp ögonen för molekylära metoder. Bland annat har Kirsten gett en kurs särskilt riktad till doktorander och forskare med liten erfarenhet av detta relativt nya angreppssätt.

Kan användas i fler SLU-projekt

- Jag tror att det skulle kunna användas för att komplettera många pågående projekt på institutionen och SLU. Ibland verkar människor bli mer exalterade av ny teknik än de frågor man kan svara och det är inte något jag vill uppmuntra. Men jag rekommenderar forskare att fundera på hur dessa tekniker kan ge nya värdefulla insikter, säger Kirsten Miller.

Alla forskare på SLU kan utnyttja DNA-labbet i mån av plats och mot att de betalar bänkavgift.

Kontakta Ekologicentrums molekylärlaboratorium

Kvinna skriver på en laptop i labbet.
Kirsten Miller, postdoc på institutionen för ekologi. Foto: Anna Lundmark
Kvinna arbetar i labbet.
Tytti Vanhala förbereder insekterna och spindlarna för analys. Foto: Anna Lundmark

Fakta:

Nytt i DNA-labbet

Utrustningen underlättar extraktionen av biologiskt material genom att den utförs i 96-hålsplattor. Det leder till en betydligt snabbare extraktionsprocess än tidigare. I utrustningen ingår en ”Precelly Evolution” för homogenisering av biologiskt material i 96-hålsplattor, två plattskakare med värmefunktion, en centrifug för plattor, en ny ”PCR-huv” med UV-ljus, thermocykler, elektroforesbehållare, ett nytt dokumentationssystem för agarosgeler och en DNA-kvantifieringsutrustning (Qubit).


Kontaktinformation

Helena Bötker, Forskningsingenjör
Institutionen för växtproduktionsekologi
018-672297 helena.botker@slu.se

Sidansvarig: anna.lundmark@slu.se