SLU-nätverk för DNA-barcoding

Senast ändrad: 27 juni 2017
Gomphonema_coronatum.jpg

Vi är ett nätverk av SLU-forskare och -miljöanalytiker som använder sig av DNA-barcoding (DNA streckkodning) i sitt arbete eller planerar att göra det. DNA-barcoding är en metod för att skilja arter inom en grupp från andra arter genom att studera kortare sekvenser av DNA från utvalda områden i arvsmassan. Syftet med nätverket är att utbyta kunskap och till exempel se vilka möjligheter som finns för att använda DNA-barcoding inom miljöanalysen.

Maria Kahlert vid institutionen för vatten och miljö år initiativtagare till nätverket, som beviljats Metod- och kompetensutvecklingsstöd av Fomar.

Kontakt:

maria.kahlert@slu.se (om Barcoding-nätverket)
ann-sofie.moren@slu.se (om Metod- och kompetensutvecklingsstöd)
http://www.barcodeoflife.org/ (om barcodning)

Länkar:

SWEBOL - Ett nationellt nätverk för DNA-streckkodning
EDNA - öppet forum där forskare och avnämare kan diskutera hur molekylära metoder kan användas inom miljöövervakning
COST DNAqua-net - nätverk för diskussion av molekylära metoder för miljöövervakning av Europeiska vatten
Barcoding i miljöanalysen vid Miljöövervakningsdagarna Sandviken 1.10.2015
Spår av DNA avslöjar abborren (P1 radio, in Swedish)
Barcoding i miljöanalysen vid Temadag miljöanalys 18.11.2014
"Streckkodning av gener" i Miljötrender november 2014
Naturhistoriska Riksmuseet, Bi-lagan nr 1 mars 2014:
DNA-streckkodning – så går det till (Johannes Bergsten)
Konsten att göra en höna av en fjäder – DNA-streckkoder i praktiken (Markus Englund)
DNA-nyckeln
DNA-streckkodning

SLU forskare inom nätverket

Välkommen med din interesseförfrågan!

Andrea Belgrano, Akvatiska resurser, Havsfiskelaboratoriet, Lysekil
Ulf Bergström, Akvatiska resurser
Anna Berlin, Skoglig mykologi och växtpatologi, barcoding av svampar
Johanna Boberg, Skoglig mykologi och växtpatologi, barcoding av svampar (samarbete på institutionen)
Patrik Bohman, Akvatiska resurser, Sötvattenslaboratoriet Drottningholm, kräfta, sötvatten, eDNA
Michelle Cleary, Sydsvensk skogsvetenskap, barcoding av  svampar i skog
Erik Degerman, Akvatiska resurser, fisk
Stina Drakare, Vatten och miljö, växtplankton och användningen i miljöövervakning
(publikation om växtplankton and barcoding)
Lennart Edsman, Akvatiska resurser, Sötvattenslaboratoriet Drottningholm, genetik flodkräfta och signalkräfta, eDNA från kräftor och kräftsjukdomar
Ann-Britt Florin, Akvatiska resurser, Kustlaboratoriet Öregrund
Hanna Friberg, Skoglig mykologi och växtpatologi, jordburna växtpatogener
Ulf Grandin, Vatten och miljö, vegetation, biodiversitet, ekosystemtjänster
Kerstin Holmgren, Akvatiska resurser, fisk
David Huyben, Dept.of Animal Nutrition and Management, fish gut microbes
Maria Kahlert, Vatten och miljö, kiselalger och användningen i miljöövervakning
(Foma projekt i samarbete med INRA, France)
Karl Lundström, Akvatiska resurser, barcoding för analys av sälens maginnehåll, sälens eDNA (kooperation med Naturhistoriska riksmuseet)
Kirsten Miller Institutionen för Ekologi, using molecular techniques to understand
trophic interactions (largely in agroecosystems)
Kamyar Mogodiniyai Kasmaei, Dept.of Animal Nutrition and Management, fish gut microbes
Ruth Nichols, Vilt, fisk, miljö, födovävar, molekylär ekologi, klövviltbetning
Diem Nguyen, Skoglig mykologi och växtpatologi, forest tree diversity and fungal community
Jonas Oliva. Skoglig mykologi och växtpatologi, patogena svampar
Åke Olson, Skoglig mykologi och växtpatologi, kartläggning av svampfloran på grankottar
Stefan Palm, Akvatiska resurser, fisk
Göran Spong, Vilt, fisk, miljö, barcoding i flera projekt, sekvensanalyser, utveckling av diagnostiska SNP-paneler
Johan Stendahl, Mark och miljö, barcoding av markmikrofauna av jordprover inom markinventeringen
Malin Strand, ArtDatabanken, barcoding av slemmaskar
Astrid Taylor, Ekologi, barcoding av hornkvalster

Nätverksaktiviteter 2014

1. Första nätverksmöte på Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm den 21 januari 2014 på seminariet "DNA-baserad art- och individidentifiering – samordning, nya möjligheter, tillämpningar i samhället". Lära känna SLU-deltagare, diskussion om möjligheter och planer med nätverket, mingla med externa aktörer.

2. Etablering av email-lista för enklare informationsutbyte ("barcoding@slu.se").

3. Etablering av nätverks-hemsida, och Wikipedia-information om DNA-streckkodning på Svenska.

4. Första interna nätverksmöte 4/3 2014 på SLU, Vatten & Miljö och Skoglig mykologi. Introduktion av alla partners, praktisk besök på DNA-labor.

5. Utbyte av Foma- och Formas-ansökningar för att få stöd och konstruktiv kritik från nätverket (vår 2014)

6. Utbyte av praktiska erfarenheter med provtagning av DNA, extraktion, sekvensering samt kostnader (vår 2014).

7. Diskussion om framtida aktiviteter för nätverket (höst 2014)

8. Gemensam ansökan om NJ-fakultetens kommande strategiska satsningar (höst 2014)

9. Gemensam information till artikeln "Streckkodning av gener" i Miljötrender november 2014

10. Deltagande & co-organisation av temadag miljöanalys 18.11.2014: Förläsning om DNA-barcoding basics, workshop med avnämare om barcoding och framtida behov.

11. Deltagande & co-organisation av FOMA seminar at SLU Aqua 3.12.2014. "Fish, crayfish and mussels as eDNA in environmental monitoring (in English)"

12. Deltagande & co-organisation av FoSW Lunch seminar "Molecular based ecological inventories - revisiting ecology” by Dr. Alain Franc, INRA - UMR BioGeCo - Bordeaux, 11.12.2014, MVM, SLU, följd av möte om barcoding-pipelines.

Nätverksaktiviteter 2015

  1. SciLifeLab workshop 5 February 2015. SciLifeLab informed about its possibilities, followed by a discussion with participants on own needs. Lecturers: Olga Vinnere Petterson and Christian Tellgren-Roth. Feel free to contact Olga directly for further discussion, also video meetings possible: Olga.Pettersson@scilifelab.uu.se
    SciLifeLab homepage: http://www.scilifelab.se/
    SciLifeLab presentation 5/2 2015, see:
    Kalendar: http://www.slu.se/en/research-schools/focus-on-soils-and-water/all-events/events-at-fosw/2015/2/scilifelab-workshop/
  2. DNA barcoding workshop 16 April
  3. SciLifeLab workshop on biodiversity and evolution 1 June
  4. Knowledge gaps for developing DNA barcoding for environmental assessment
  5. DNA extraction workshop for beginners

Kontaktinformation
Sidansvarig: maria.kahlert@slu.se